Marcos Napolitano é Doutor (1999) e mestre (1994) em História Social pela Universidade de São Paulo, onde também graduou-se em História (1985). É bolsista produtividade do CNPq (1C). Foi professor no Departamento de História da Universidade Federal do Paraná (Curitiba), entre 1994 e 2004, e professor visitante no Instituto de Altos Estudos da América Latina (IHEAL) da Universidade de Paris III (2009) e na Universidade de Santiago do Chile (2018 e 2020).
Atualmente, é Professor Titular de História do Brasil Independente e orientador no Programa de História Social da USP. Especialista no período do Brasil Republicano, com ênfase no regime militar, e na área de história da cultura, com foco no estudo das relações entre história e audiovisual.